Η προγεννητική διάγνωση σήμερα – Βλέποντας το δάσος μέσα από τα δένδρα

Η συχνότητα εμφάνισης σοβαρών ανατομικών ανωμαλιών κατά τη γέννηση του εμβρύου είναι 3%, ενώ των γενετικών ανωμαλιών είναι 3% από τις οποίες το 1% αφορά τις χρωμοσωμικές ανωμαλίες (πχ. Σύνδρομο Down) το 1% τις υπομικροσκοπικές ανωμαλίες (CNV) και το 1% τις μονογονιδιακές ανωμαλίες (πχ. β-θαλασσαιμία).

Ανατομικές ανωμαλίες εμβρύου

Σήμερα η EUROCAT (Ευρωπαϊκή επιτροπή παρακολούθησης συγγενών ανωμαλιών)  αναφέρει ότι το ποσοστό των σοβαρών συγγενών ανωμαλιών (αυτές που οδηγούν σε θάνατο μετά τη γέννηση ή σε σοβαρή αναπηρία) κατά την κύηση είναι 2,5% στο γενικό πληθυσμό και η πιθανότητα να ανακαλυφθεί κατά την κύηση σε κέντρα με εμπειρία είναι 90%. Ο καλύτερος τρόπος ανακάλυψης μεγάλου ποσοστού αυτών των συγγενών ανωμαλιών είναι να υποβληθούν όλα τα έμβρυα σε αναλυτικό υπερηχογράφημα ανωμαλιών του εμβρύου στις 18-23 εβδομάδες κύησης και τα έμβρυα που έχουν τις ανάλογες ενδείξεις να υποβληθούν επιπλέον σε εμβρυϊκή υπερηχοκαρδιογραφία, καθώς οι ανωμαλίες στην καρδιά είναι αυτές που συχνότερα διαφεύγουν της διάγνωσης.Οι ανευπλοειδίες (αριθμητικές χρωμοσωματικές ανωμαλίες), οι δομικές χρωμοσωματικές ανισοζυγίες/αναδιατάξεις, καθώς και παραλλαγές του αριθμού των αντιγράφων κατά μήκος του γονιδιώματος (Copy Number Variants, CNVs) ευθύνονται σε ποσοστό ως και 40% για κάποιες από τις συγγενείς ανωμαλίες που παρατηρούνται υπερηχογραφικά.  Επιπλέον, τα τελευταία χρόνια πέρα από το γεγονός ότι έχει αυξηθεί το ποσοστό των ανωμαλιών που ανευρίσκονται υπερηχογραφικά πριν από την γέννηση, έχει μειωθεί και η ηλικία κύησης στην οποία γίνεται η διάγνωση, καθώς στο υπερηχογράφημα 11-14 εβδομάδων που πραγματοποιείται για τον έλεγχο των χρωμοσωμικών ανωμαλιών σε έμπειρα κέντρα, μπορεί να ανακαλυφθεί το 50% (32% -60% χαμηλού/υψηλού κινδύνου) των σοβαρών ανατομικών ανωμαλιών του εμβρύου και έτσι οι γονείς να έχουν την επιλογή της διακοπής της κυήσεως ενωρίτερα.

Γενετικές ανωμαλίες

Χρωμοσωμικές ανωμαλίες εμβρύου

Η προγεννητική διάγνωση των γενετικών ανωμαλιών μέχρι σήμερα έχει ακολουθήσει μια διαφορετική πορεία, καθώς ήταν εστιασμένη αποκλειστικά στο σύνδρομο Down, ενώ η ανακάλυψη των άλλων γενετικών ανωμαλιών γινόταν συνήθως τυχαία. Αυτό οφειλόταν στο γεγονός ότι η αμνιοπαρακέντηση ή η βιοψία τροφοβλάστη που αποτελούν την οριστική διάγνωση των γενετικών ανωμαλιών έχουν ένα ποσοστό αποβολών περίπου 1% και υψηλό κόστος, οπότε η πρακτική να υποβληθούν όλες οι γυναίκες σε μια τέτοια διαδικασία είναι αδύνατη. Για το λόγο αυτό χρησιμοποιήθηκαν διάφορα κριτήρια, ώστε μόνο αυτές που τα πληρούσαν υποβαλλόταν τελικά σε επεμβατικό έλεγχο γενετικών ανωμαλιών. Στη δεκαετία του ΄80 το κριτήριο ήταν η ηλικία της μητέρας (>35 ετών) αργότερα προστέθηκε το τριπλό βιοχημικό τεστ στο 2ο τρίμηνο και τέλος στα τέλη της δεκαετίας του ’90 το συνδυαστικό τεστ του πρώτου τριμήνου (αυχενική διαφάνεια με βιοχημικούς δείκτες). Έτσι εξελίχθηκε η ευαισθησία της μεθόδου επιλογής των γυναικών που θα υποβληθούν σε επεμβατικό έλεγχο για την τελική διάγνωση από 30% σε 65% και τέλος στο 90% με το υπερηχογράφημα του 1ου τριμήνου (11-14 εβδομάδων).

Στην πορεία ανακαλύφθηκε ότι ενώ το υπερηχογράφημα του 1ου τριμήνου στόχευε να βρεθούν εκείνες οι γυναίκες που έχουν αυξημένο κίνδυνο να κυοφορούν έμβρυα με τρισωμία 21 (σ. Down), 13,18 και σύνδρομο Turner (XO- μονοσωμία Χ) με ποσοστά αξιοπιστίας 90%, 97%, 92% και 95% αντίστοιχα, από αυτές ένα ποσοστό 15% (50% του συνόλου) βρέθηκε να κυοφορούν έμβρυα με κάποια άλλη χρωμοσωμική ανωμαλία, πέρα από αυτές που διερευνούνταν στον αρχικό έλεγχο. Αυτό σημαίνει ότι ενώ ο έλεγχος με το υπερηχογράφημα του 1ου τριμήνου έχει στόχευση στις τρισωμίες 13,18,21 μονοσωμία Χ και τριπλοειδίες, υπάρχει ένα ποσοστό άτυπων χρωμοσωμικών ανωμαλιών που κυμαίνεται 30-75%, που αν θα βρεθούν ή όχι είναι αποτέλεσμα των κριτηρίων που θα θέσουμε, όπως και της μεθόδου περαιτέρω διερεύνησης που θα ακολουθήσουμε, ενώ μπορεί το ποσοστό ανίχνευσης να φθάσει έως το 90%, εάν άσχετα με το συνδυαστικό τεστ συμπεριλάβουμε στα κριτήρια επεμβατικού ελέγχου την πολύ μεγάλη ηλικία της μητέρας (>45 ετών), τα πολύ χαμηλά βιοχημικά (<0,2Μοm) και την αυχενική διαφάνεια >3,5mm.

Η νεότερη μέθοδος που εφαρμόζεται τα τελευταία χρόνια ως μέθοδος ελέγχου του πληθυσμού ονομάζεται ελεύθερο εμβρυϊκό DNA (cf DNA) ή αδόκιμα μη επεμβατικός προγεννητικός έλεγχος (NIPT). Σύμφωνα με πρόσφατη μετανάλυση σε πληθυσμούς υψηλού κινδύνου ανακαλύπτει το 99% των τρισωμιών 21 το 97% των τρισωμιών 13,18 και το 90% των μονοσωμιών Χ, ενώ στο γενικό πληθυσμό το ποσοστό για την τρισωμία 21 κυμαίνεται  μεταξύ 93-96%, καθώς σε αυτόν είναι χαμηλότερος ο κίνδυνος εμφάνισής της σε σχέση με τις γυναίκες υψηλού κινδύνου. Βέβαια, υπάρχουν ορισμένοι περιορισμοί στην εφαρμογή του, όπως ο κίνδυνος το εργαστήριο να μη καταφέρει να δώσει αποτελέσματα σε ένα ποσοστό 2,4% των περιπτώσεων. Δυστυχώς, στην ομάδα αυτή συνήθως περιλαμβάνεται το 2-3% των τρισωμιών 13 & 18 ιδίως σε γυναίκες με χαμηλή ποσότητα εμβρυικού DNA στο αίμα τους (παχύσαρκες) σε ποσοστό 50%. Επιπλέον, το κλασικό cfDNA δεν ανευρίσκει τις άτυπες (σπάνιες) χρωμοσωμικές ανωμαλίες, καθώς ο έλεγχος περιλαμβάνει μόνο τις τρισωμίες 21,13,18 και τις μονοσωμίες Χ, Υ. Έτσι, καταλήγουμε ότι το cfDNA θεωρείται ως μέθοδος ελέγχου του γενικού πληθυσμού για το σύνδρομο Down εφάμιλλο με το υπερηχογράφημα της αυχενικής διαφάνειας για τις τρισωμίες 13,18, ενώ έχει μικρότερη ευαισθησία για τη μονοσωμία Χ (σ. Turner), αλλά μεγαλύτερη για τις άλλες φυλετικές χρωμοσωμικές ανωμαλίες σε σύγκριση με το υπερηχογράφημα της αυχενικής διαφάνειας. Σε ομάδες υψηλού κινδύνου δεν θα πρέπει να είναι μέθοδος πρώτης γραμμής, ενώ θα πρέπει να γίνει κατανοητό ότι σε αντίθεση με τον όρο «μη επεμβατικός προγεννητικός έλεγχος» δεν αποτελεί μέθοδο διάγνωσης, καθώς αυτή γίνεται μόνο με τον καρυότυπο είτε σε λάχνες με βιοψία τροφοβλάστη, είτε με αμνιοπαρακέντηση με λήψη αμνιακού υγρού.

Συμπερασματικά μπορούμε να πούμε ότι όλες οι γυναίκες θα πρέπει να υποβάλλονται σε υπερηχογράφημα 1ου τριμήνου, όπου μπορεί να διαγνωσθεί το 50% των ανατομικών ανωμαλιών, ενώ ο έλεγχος χρωμοσωμικών ανωμαλιών για να ανακαλύψει τις περισσότερες από αυτές θα πρέπει να βασίζεται στο υπερηχογράφημα 1ου τριμήνου, όπου οι γυναίκες που θα πρέπει στη συνέχεια να υποβληθούν σε επεμβατικό έλεγχο να είναι τελικά αυτές με πολύ υψηλό κίνδυνο 1/100 ή πολύ χαμηλούς βιοχημικούς δείκτες(<0,2Mom), ή ηλικία >45 έτη ή αυχενική διαφάνεια >3,5mm ή με υπερηχογραφικά ευρήματα. Αντίθετα, αυτές που θα έχουν ενδιάμεσο κίνδυνο 1/100-1/1000 θα μπορούσαν να υποβληθούν  σε cfDNA .

Υπομικροσκοπικές ανωμαλίες

Οι υπομικροσκοπικές ανωμαλίες των χρωμοσωμάτων είναι ελλείψεις και διπλασιασμοί μικρών τμημάτων τους που η συχνότητα εμφάνισή τους σε νεογέννητα είναι 1% . Με την εισαγωγή του μοριακού καρυοτύπου ο αριθμός αυτών των ανωμαλιών που ανευρίσκονται έχει αυξηθεί και έτσι αποτελεί το γενετικό τεστ επιλογής, ιδίως όταν ανευρίσκονται στο υπερηχογράφημα μείζονες ή ελάσσονες ανατομικές ανωμαλίες, όταν υπάρχει αυχενική διαφάνεια >3,5mm πρώιμη υπολειπόμενη ανάπτυξη, ιστορικό ανάλογων ανωμαλιών σε προηγούμενο παιδί νέες ισοζυγισμένες μετατοπίσεις και ενδομήτριος θάνατος.

Στην κλινική πράξη το πρόβλημα που έχει δημιουργηθεί από την ανάπτυξη αυτής της τεχνικής είναι η ανεύρεση μη καθορισμένων κλινικών σημαντικών ευρημάτων (VOUS) που, ωστόσο, στις  τελευταίες μελέτες το ποσοστό τους από 12% μειώθηκε στο 1%.  Για το λόγο αυτό, πολλά κέντρα γενετικής ζητούν συμπληρωματικά δείγματα από τους γονείς και άλλα επιλέγουν να μην τα αναφέρουν, όταν δεν υπάρχουν σαφή υπερηχογραφικά ευρήματα ικανά να τα συνδυάσουν.

Μονογονιδιακές ασθένειες

Αφορούν συνήθως νέες μεταλλάξεις στην αλληλουχία του DNA και αφορούν το 76% των γενετικών ασθενειών . Από αυτές τις μεταλλάξεις το 1/3 είναι κληρονομικές από τους γονείς (αυτοσωμικές ή φυλοσύνδετες) ενώ οι υπολοιπες είναι νέες (de novo ).

Ο έλεγχος μονογονιδιακών ασθενειών είναι  ευρύτατα γνωστός για  ασθένειες όπως η β-θαλασσαιμία, η δρεπανοκυτταρική αναιμία, η κυστική ίνωση, η νωτιαιομυϊκή ατροφία και το εύθραυστο Χ, όπου στην Ευρώπη ελέγχονται μόνο σε ιδιαίτερες ομάδες πληθυσμών (έλεγχος φορείας) με αυξημένη συχνότητα εμφάνισης (Μεσόγειος) ή όταν υπάρχει ιστορικό στην οικογένεια, ενώ στις ΗΠΑ είναι έλεγχος ρουτίνας πριν από την επιθυμία κυοφορίας της γυναίκας ή κατά την προγεννητική διάγνωση της κύησης. Τελευταία ο έλεγχος αυτός επεκτάθηκε για γονιδιακά νοσήματα με συχνότητα εμφάνισης φορέων (carrier test)  από 1/100 σε 1/40.000 . Επίσης γίνεται όταν τα ευρήματα συνηγορούν υπέρ μιας ομάδας ασθενειών (πχ. σκελετικές ανωμαλίες) και περιλαμβάνει συγκεκριμένες μεταλλάξεις (panel)  ή διερεύνηση όλου του ύποπτου γονιδίου.

Πρόσφατα, μια ομάδα ερευνητών στην Ευρώπη σε πρόγραμμα αναπαραγωγής υπέβαλε όλες τις γυναίκες πριν την εξωσωματική γονιμοποίηση, σε έλεγχο ενός εκτεταμένου πάνελ γονιδιακών νοσημάτων (277 αυτοσωμικά υπολειπόμενα και 37 συνδεδεμένα με το Χ χρομόσωμα) και ανακάλυψε ότι το 56% αυτών ήταν τουλάχιστον φορείς ενός γονιδιακού νοσήματος. Ο καλύτερος τρόπος ανίχνευσης μονογονιδιακών νοσημάτων είναι ο έλεγχος όλου του γονιδιώματος.

Το μέλλον η αλληλούχιση των εξωνικών περιοχών, Whole Exome Sequencing (WES) 

Το WES (whole exome sequencing) αποτελεί το ενδελεχή έλεγχο των εξονίων (κωδικοποιημένων και μη κωδικοποιημένων περιοχών ) που κωδικοποιούν το σύνολο των 20.000 γονιδίων που απαρτίζουν το ανθρώπινο γονιδίωμα. Το WES έχει τη δυνατότητα να θέσει γονιδιακή διάγνωση στο 25-30% των νεογέννητων με σπάνιες ασθένειες που δεν έχουν διαγνωσθεί. Η σημασία του WES είναι ότι βοηθά στην ανακάλυψη νέων γονιδίων υπεύθυνων για σοβαρές νόσους ή ανωμαλίες. Ωστόσο, στην προγεννητική διάγνωση προτιμάται το CES (clinical exome sequencing) που αφορά μόνο τα γνωστά κωδικοποιημένα γονίδια (2% γονιδιώματος) που έχουν συνδεθεί με γνωστή κλινική εικόνα.

Η πρώτη απόπειρα στην Ευρώπη έγινε σε 30 περιστατικά προγεννητικά, όπου είχαν ανευρεθεί ανατομικές ανωμαλίες στην υπερηχογραφική εξέταση και βρέθηκαν 3, τα οποία θα μπορούσαν να είχαν αιτιολογική συσχέτιση με τις βλάβες, γεγονός που υποδεικνύει ότι στο 10% των αδιάγνωστων περιπτώσεων, το WES θα μπορούσε να εξηγήσει βλάβες ιδιαίτερα του ΚΝΣ, της καρδιάς και του εμβρυικού ύδρωπα.

Στην αλληλούχιση του γονιδιώματος βοηθά η ταυτόχρονη ανάλυση και των δύο γονέων (trio) καθώς αυξάνει κατά 10% την διαγνωστική αξία του τεστ . Αυτό οφείλεται στην γεγονός ότι ανιχνεύεται η τυχόν προέλευση της μετάλλαξης από τους γονείς ή εάν είναι de novo μειώνοντας πολύ τον συνολικό χρόνο της εξέτασης. Επίσης είναι σημαντική πληροφορία στις νέες μεταλλάξεις όταν αφορούν μη κωδικοποιημένες περιοχές. Βέβαια απαιτείται προσοχή όταν οι μεταλλάξεις αφορούν  γονίδια που συμπεριφέρονται ποικιλόμορφα (διαφορετική έκφραση, ατελής διείσδυση) και στους γονείς δεν προκαλούν συμπτώματα οπότε μπορούν να διαλάθουν της διάγνωσης.

 

 

Διαγνωστική αξία

Επί του παρόντος ο προγεννητικός έλεγχος περιλαμβάνει τον συμβατικό και μοριακό καρυότυπο που πραγματοποιούνται σε εμβρυϊκά κύτταρα κατόπιν βιοψίας χοριακών λαχνών ή αμνιοπαρακέντησης. Η πιθανή πρόσθετη διαγνωστική αξία του NGS σε έμβρυα με παθολογικά υπερηχογραφικά ευρήματα υπολογίζεται στο 10-12% κατά μέσο όρο. Η πιθανότητα ταυτοποίησης παθογόνου γενετικής παραλλαγής εμφανίζει πολύ μεγάλη διακύμανση (από, π.χ 2% στη μεμονωμένη αυξημένη αυχενική διαφάνεια, μέχρι 53% σε σκελετικές δυσπλασίες και 72% σε υπερηχογενείς νεφρούς). Χαρακτηριστικά ο συνδυασμός CMA & CES στις νευροανατυξιακές διαταραχές φθάνει το 41% . Στην μεμονωμένη υπολειπόμενη ανάπτυξη η διαγνωστική αξία φθάνει το 4-12% ενώ ανεβαίνει στο 48% όταν αυτή οφείλεται σε βραχέα οστά.

Ο βασικός ρόλος της αλληλούχισης νέας γενιάς και πιο συγκεκριμένα της αλληλούχισης των εξωνικών περιοχών,Whole Exome Sequencing (WES), είναι η ανίχνευση γενετικών παθήσεων που οφείλονται σε παραλλαγές στο επίπεδο του ενός ή μερικών νουκλεοτιδίων, καθώς και σε μικρές ενθέσεις και ελλείμματα (small INDELS) εντός της κωδικοποιούσας περιοχής του γονιδιώματος. Παρόλο που υπολογίζεται ότι >85% των παραλλαγών στα μονογονιδιακά νοσήματα βρίσκονται μέσα στα εξώνια ή στα όρια εξωνίων/εσωνίων, μπορεί να υπάρχουν και “βαθιές” εσωνικές παραλλαγές (ευρήματα που εντοπίζονται στα εσώνια των γονιδίων-intronic variants), καθώς και παραλλαγές σε μη κωδικοποιούσες περιοχές, όπως υποκινητές (promoters), ενισχυτές (enhancers) κλπ, που η εξέταση WES δεν έχει τυπικά τη δυνατότητα να ανιχνεύει. Επίσης η εξέταση WES δεν ανιχνεύει μεγάλα ελλείμματα/διπλασιασμούς (large INDELS) παραλλαγές αριθμού αντιγράφων (Copy Number Variants-CNVs, όπως στο σύνδρομο DiGeorge), επεκτάσεις επαναλήψεων τρινουκλεοτιδίων (π.χ σύνδρομο του Εύθραυστου Χ), διαταραχές μεθυλίωσης και μονογονεϊκή δισωμία (UPDs, όπως π.χ σύνδρομα Silver-Russell, Beckwith-Wiedemann, Angelman, Prader-Willi κ.α).

Επίσης, το WES δεν μπορεί να ανιχνεύσει με αξιοπιστία παραλλαγές που βρίσκονται σε περιοχές με ψευδογονίδια ή αντίγραφα γονίδια (π.χ Νωτιαία Μυϊκή Ατροφία, σ. Gaucher, CAH κ.α), περιοχές με υψηλό ποσοστό G/C βάσεων (G/C rich regions) και περιοχές με επαναλαμβανόμενα ίδια νουκλεοτίδια (homopolymer regions) όπως π.χ πολυμορφικές περιοχές poly-T και TG του γονιδίου CFTR. Σημειώνεται ότι για τεχνικούς λόγους, που αφορούν τον σχεδιασμό και την παραγωγή βιβλιοθηκών και διαφέρουν ανάλογα με τη κατασκευάστρια εταιρεία, δεν επιτυγχάνεται κάλυψη του 100% του συνόλου των εξωνίων (exome) όπου η μέγιστη κάλυψη φτάνει το 97%, ή του μιτοχονδριακού γονιδιώματος για το οποίο οι κατασκευάστριες εταιρείες διαθέτουν διαφορετικά συστήματα μελέτης/KIT. 

Συμβουλευτική πριν την ανάλυση (Pre-Test counseling)

Οι ενδιαφερόμενοι θα πρέπει να ενημερώνονται από ειδικούς (θεράποντα ιατρό, ιατρό γενετιστή, εργαστηριακό γενετιστή) και να υπογράφουν έγγραφο συναίνεσης του εργαστηρίου που αναλαμβάνει τη διεξαγωγή της γενετικής ανάλυσης. Σε αυτό θα πρέπει να εξηγείται με όσο το δυνατόν πιο κατανοητό τρόπο (Πληροφοριακό Εντυπο WES για Γονείς )  η ανάλυση που προτείνεται, τα πλεονεκτήματα και οι περιορισμοί της καθώς και η πολιτική αναφοράς των ευρημάτων. Πιο συγκεκριμένα οι ενδιαφερόμενοι θα πρέπει να γνωρίζουν:

•  Ότι ο στόχος της εξέτασης είναι να βρεθεί – αν υπάρχει – παθογόνος γενετική παραλλαγή που να εξηγεί τα εμβρυϊκά ευρήματα, και ότι δεν δύναται να εξασφαλίσει τη γέννηση υγιούς παιδιού.
• Ότι αποτέλεσμα χωρίς εύρημα δεν σημαίνει ότι αποκλείει κάποιο γενετικό νόσημα, καθώς αυτό μπορεί να οφείλεται σε:
  
• γενετική διαταραχή που δεν ελέγχει η συγκεκριμένη τεχνολογία (π.χ μονογονεϊκή δισωμία, παραλλαγές σε βαθιά εσονικές ή μη κωδικοποιούσες περιοχές κ.α.)
• άγνωστο μέχρι τώρα γενετικό νόσημα/γονίδιο
• αδυναμία τη χρησιμοποιούμενης τεχνικής να ανιχνεύσει όλους τους τύπους των γενετικών παραλλαγών
• πιθανότητα ύπαρξης ψευδώς αρνητικών και ψευδώς θετικών ευρημάτων
• Τον χρόνο που απαιτείται για την ολοκλήρωση της ανάλυσης. Με δεδομένο ότι ο χρόνος έκδοσης των αποτελεσμάτων της αποκάλυψης της αλληλουχίας του  εμβρυϊκού DNA κυμαίνεται γενικά μεταξύ 3-4 εβδομάδων (και κατά περίπτωση μπορεί και περισσότερο), είναι πιθανό ότι σε κάποιες περιπτώσεις θα έχει επέλθει τοκετός πριν από την ολοκλήρωση έκδοσης των αποτελεσμάτων
• Την πιθανότητα να μη δοθεί αποτέλεσμα λόγω π.χ ποιότητας του δείγματος, ή να δοθεί σε χρόνο που να μη μπορεί να επηρεάσει την κύηση ή τον θεραπευτικό χειρισμό του νεογνού
• Την πολιτική αναφοράς των παραλλαγών αβέβαιης κλινικής σημασίας (VUS)
• Την πολιτική αναφοράς ή μη των δευτερευόντων και τυχαίων ευρημάτων, τόσο στο έμβρυο όσο και στους γονείς, καθώς και αν συναινούν οι γονείς να γνωρίζουν τέτοια ευρήματα ή όχι.
  • Δευτερεύοντα ευρήματα (secondary findings, SF) είναι παθογόνες ή πιθανά παθογόνες παραλλαγές σε γονίδια που δεν συνδέονται με την αιτία παραπομπής, αλλά ευθύνονται για την      εκδήλωση ασθενειών που μπορεί να επιδέχονται ιατρικής παρέμβασης και τα γονίδια για προδιάθεση καρκίνου.
  • Τυχαία ευρήματα (incidental findings, IF) είναι παθογόνες ή πιθανά παθογόνες παραλλαγές που δεν συνδέονται με την αιτία παραπομπής και δεν συμπεριλαμβάνονται στη λίστα γονιδίων σχετιζόμενων με νοσήματα που επιδέχονται ιατρική παρέμβαση
• Ότι οι γενετικές παραλλαγές που θα ανιχνευθούν  πιθανόν να έχουν αντίκτυπο στο ευρύτερο οικογενειακό περιβάλλον
• Την πιθανότητα να γίνει γνωστή η μη πατρότητα ή η στενή συγγένεια των βιολογικών γονέων, καθώς και τον τρόπο χειρισμού τέτοιων περιστατικών αναφορικά με την ανάλυση και την γραπτή έκθεση των αποτελεσμάτων
• Ότι τα εργαστηριακά δεδομένα θα χρησιμοποιηθούν ανώνυμα για ερευνητικούς και εκπαιδευτικούς σκοπούς εφόσον υπάρξει έγγραφη συναίνεση.

Ενδείξεις Προγεννητικής Εξωμικής Αλληλούχισης (Prenatal Exome Sequencing, PES)

Σε όλες τις ενδείξεις PES που ακολουθούν, απαραίτητη προϋπόθεση αποτελεί η προηγούμενη ή ταυτόχρονη εφαρμογή μοριακού καρυοτύπου.

α) Σε κύηση όπου το έμβρυο έχει μία βασική δομική ανωμαλία ή πολλαπλές δομικές ανωμαλίες σε διάφορα όργανα και:

• i. Τα υπερηχογραφικά ευρήματα θέτουν τη διαφορική διάγνωση συγκεκριμένου μονογονιδιακού νοσήματος
• ii. Το πρότυπο των ανωμαλιών θέτει υποψία για μονογονιδιακή διαταραχή, ακόμη και αν δεν έχει προηγηθεί γενετική εξέταση. Στην περίπτωση αυτή προτείνεται να εκτιμηθεί η εκτέλεση του μοριακού καρυότυπου πριν ή παράλληλαμε το PES.

β) Ύπαρξη οικογενειακού ιστορικού αδιάγνωστου εμβρύου ή παιδιού με μία ή πολλαπλές δομικές ανωμαλίες: οταν στην παρούσα κύηση εντοπίζονται οι ίδιες ανωμαλίες με προηγούμενη κύηση και δεν υπάρχει γενετική διάγνωση, ούτε για την προηγούμενη παθολογική κύηση, ούτε για το κυοφορούμενο έμβρυο. Εξαιρούνται τα ελλείμματα του νευρικού σωλήνα.

γ) Σε έμβρυα με:

– πολλαπλές ανωμαλίες

– ευρήματα ύποπτα για σκελετική δυσπλασία (μη σχετιζόμενη με περιορισμό της αύξησης του εμβρύου)

– ηχογενείς νεφρούς, ιδιαίτερα όταν αυτοί είναι διογκωμένοι, με φυσιολογική ουροδόχο κύστη

– μείζονες ανωμαλίες του ΚΝΣ (εξαιρουμένων των ανωμαλιών του νευρικού σωλήνα)

– μείζονα συγγενή καρδιοπάθεια

– πολλαπλές κάμψεις αρθρώσεων/αρθρογρύπωση (με εξαίρεση την μεμονωμένη αμφοτερόπλευρη στρεβλοποδία),

– φαινομενικά ανεξήγητη εμβρυϊκή υπερανάπτυξη (όλες οι μετρήσεις >97η ΕΘ),

δ) Μεμονωμένος μη ανοσολογικής αιτιολογίας εμβρυϊκός ύδρωπας με φυσιολογικό μοριακό καρυότυπο. Ως ύδρωπας ορίζεται υγρό/οίδημα σε τουλάχιστον δύο διαμερίσματα (π.χ υποδόριο, πλευριτικό υγρό, περικαρδιακό υγρό ή ασκίτης).

ε) Αυχενική διαφάνεια > 4 χιλ. μεταξύ 11ης-14ης εβδομάδας κύησης

στ) Εμμένουσα αυξημένη αυχενική πτυχή (>6 χιλ.) στο δεύτερο τρίμηνο της κύησης μπορεί να αποτελέσει ένδειξη, εφόσον συνυπάρχουν δομικές ανωμαλίες σε δύο ή περισσότερα συστήματα.

ζ) Σοβαρού βαθμού ανωμαλία ή πλήρης αγενεσία του μεσολοβίου, είτε μεμονωμένη είτε σε συνδυασμό με άλλες ανωμαλίες.

η) Έμβρυα με φαινομενικά μεμονωμένο σημαντικό περιορισμό της αύξησης μη πλακουντιακής αιτιολογίας (βιομετρία <1η εκ. θέση, απουσία εμφανών ανατομικών ανωμαλιών, φυσιολογικά Doppler).

i. Σε φαινομενικά μεμονωμένο περιορισμό της αύξησης πλακουντιακής αιτιολογίας (επηρεασμένα μητρικά ή/και εμβρυϊκά Doppler ή/και άλλες εκδηλώσεις πλακουντιακής ανεπάρκειας με απουσία εμφανών δομικών ανωμαλιών), συνιστάται η ενημέρωση των γονέων για πιθανότητα υποκείμενου μονογονιδιακού νοσήματος ~4%.

ii. Προς το παρόν η PES δεν έχει μπει στην καθημερινή πράξη για ενδείξεις άλλες εκτός των εμβρυϊκών ανωμαλιών. Παρόλα ταύτα, θα μπορούσε να εφαρμοστεί μετά από γενετική συμβουλευτική σε έμβρυα χωρίς υπερηχογραφικά ευρήματα, στην περίπτωση που οι βιολογικοί γονείς έχουν ιστορικό τέκνου με σοβαρό γενετικό σύνδρομο που παρουσίαζε φυσιολογικό εμβρυϊκό φαινότυπο και στο οποίο ούτε έγινε, αλλά ούτε είναι πλέον δυνατή η γενετική ανάλυση. Στην περίπτωση αυτή συνιστάται ανάλυση γονέων και εμβρύου (ανάλυση trio).

θ) Σε περιπτώσεις που υπάρχουν οι ανωτέρω ενδείξεις παθολογικών ευρημάτων από τον απεικονιστικό προγεννητικό έλεγχο και έχει ήδη δρομολογηθεί διακοπή της κύησης ή προκύψει αυτόματη αποβολή ή ενδομήτριος θάνατος του εμβρύου στο Β΄ή Γ΄ τρίμηνο της κύησης, είναι σκόπιμο να ληφθούν υπόψη τα ευρήματα της περιγεννητικής παθολογοανατομικής/ιστοπαθολογικής εξέτασης, τα οποία είναι πιθανόν να συμβάλουν στον καθορισμό πληρέστερου ή/και διαγνωστικού φαινοτύπου με την καταγραφή πρόσθετων ευρημάτων με διαγνωστική, προγνωστική ή /και ερευνητική αξία που θα υποβοηθήσουν την αξιολόγηση των μοριακών γενετικών αποτελεσμάτων. Στην περίπτωση αυτή συνιστάται να αποθηκεύεται σε φυσιολογικό ορό και σε συνθήκες κατάψυξης εμβρυϊκός ιστός πριν από τη μονιμοποίηση σε φορμόλη. 

Ευρήματα που δεν αποτελούν επί του παρόντος ενδείξεις για PES

α) «δείκτες ανευπλοειδίας» ή soft markers πχ. κύστεις του χοριοειδούς πλέγματος, ηχογενείς εστίες καρδιάς, ήπια διάταση νεφρικής πυέλου, μικρό ρινικό οστό, μακρά οστά στην 3η ΕΘ κλπ.

β) Φαινομενικά ανεξήγητο υδράμνιο και ολιγάμνιο (επί του παρόντος υπάρχουν ανεπαρκή στοιχεία από τη βιβλιογραφία, αλλά αυτό είναι πιθανό να αλλάξει στο μέλλον) [21].

γ) Μεμονωμένες ανοικτές βλάβες του νευρικού σωλήνα

δ) Αμνιακές ταινίες

ε) Γονεϊκή επιθυμία

Συμβουλευτική Μετά την Ανάλυση (Post-Test counseling)

Μετά την ολοκλήρωση των αποτελεσμάτων είναι χρήσιμο οι ενδιαφερόμενοι να λάβουν συμβουλευτική από ειδικούς, ακόμη και όταν δεν έχει βρεθεί κάποιο κλινικά σημαντικό εύρημα. Επιπροσθέτως θα πρέπει να λαμβάνεται υπόψη ότι:

•  Η γραπτή έκθεση θα πρέπει να συντάσσεται σύμφωνα με το υπογεγραμμένο  έγγραφο συναίνεσης των ενδιαφερόμενων μερών σχετικά με το ποια ευρήματα επιθυμούν να αναφερθούν και ποια όχι.
• Θα πρέπει να γνωστοποιηθεί ότι η κατηγοριοποίηση των ευρημάτων γίνεται σύμφωνα με τις τρέχουσες κατευθυντήριες οδηγίες του ACMG, αφορά στηνεπιστημονική γνώση την δεδομένη χρονική στιγμή, και μπορεί να αναθεωρηθεί με την πάροδο του χρόνου, όταν νέα επιστημονικά δεδομένα συμπεριληφθούν στις βάσεις δεδομένων.
•  Είναι σκόπιμο να συζητηθεί το ενδεχόμενο της εκ νέου ανάλυσης των γενετικών δεδομένων σε περιστατικά όπου προκύπτουν νέα κλινικά δεδομένα κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης του πάσχοντος, ή πρόσθετα μεταθανάτια νεκροτομικά, παθολογοανατομικά και ιστοπαθολογικά ευρήματα που συμβάλλουν στη συσχέτιση φαινοτύπου/γονοτύπου, ώστε να γίνει οικογενειακός προγραμματισμός για επόμενη κύηση.
• Στην γραπτή έκθεση θα πρέπει να γνωστοποιούνται τα αποτελέσματα με απλή γλώσσα, κατανοητή από μη ειδικούς, και να αναφέρονται οι επιλογές για επόμενη κύηση, καθώς και η αναγκαιότητα ελέγχου και άλλων μελών της οικογένειας για εντοπισμό φορέων του παθολογικού ευρήματος.

ΚΑΤΕΥΘΥΝΤΗΡΙΕΣ ΟΔΗΓΙΕΣ ΓΙΑ ΤΗΝ ΕΦΑΡΜΟΓΗ ΤΗΣ ΑΛΛΗΛΟΥΧΗΣΗΣ ΝΕΑΣ ΓΕΝΙΑΣ (NGS/WES) ΣΤΟΝ ΠΡΟΓΕΝΝΗΤΙΚΟ ΕΛΕΓΧΟ Μάρτιος 2024